Die Kirche wurde 1036 erstmals urkundlich erwähnt. Sie ist dem heiligen Ulrich geweiht. Die älteste Kirche wurde in den Ruinen einer römischen Villa erbaut.

Die zweite Bauperiode fällt in die spätgotische Zeit um 1500. Seit der Einweihung der Kirche im Jahr 1504 wird sie «zu unserer lieben Frau auf Lindenberg» genannt.

Die Kanzel, die Altäre und die Altarbilder stammen aus der Bauperiode von 1700.

Seit dem Neubau der grossen Pfarrkirche 1924 in Mettmen-Schongau verlor sie an Bedeutung.

Bei Ausgrabungen 1951 wurden römische Mauerreste und ein frühmittelalterliches Kistengrab freigelegt, die heute dank kippbarer Kirchenbänke besichtigt werden können. 1951 ging der Besitz der Kirche von der römisch-katholischen Kirchgemeinde Schongau an die «Stiftung Alte Pfarrkirche Schongau» über.

Seit der Renovation von 1951-57 wird sie als beliebter Marien-Wallfahrtsort von Einheimischen und Fremden besucht und ist auch als Hochzeits-Kirche weit herum beliebt.

Die linke Bankreihe in der Kirche lässt sich aufklappen, so dass Sie einen Blick auf die Ausgrabungen werfen können. Neu gestaltete Informationstafeln auf dem Platz vor der Kirche geben Ihnen einen Überblick über die Geschichte dieses kulturgeschichtlich bedeutsamen Ortes. Die Kirche ist tagsüber frei zugänglich, der Schlüssel für den Klappmechanismus der Kirchenbank befindet sich bei der Treppe zur Kanzel.